Las fortificaciones medievales hondarribitarras prosperaron a medida que aumentaba su población e importancia estratégica. Los Reyes Católicos realizaron notables obras de mejora y ampliación que tuvieron que ser reparadas tras diversos períodos bélicos. Carlos V renovó nuevamente las fortificaciones y en la segunda mitad del siglo XVI intervinieron los ingenieros El Fratín y Tiburcio Spanocchi.
Hondarribia estuvo rodeada por una fortificación moderna de planta irregular (pentagonal a grandes rasgos), dominada hacia el oeste por colinas y bañada en el resto de las orientaciones por el mar. Siguiendo el sentido de las agujas del reloj se levantan los baluartes de San Felipe (del que se conservan algunos restos), de la Reina y de Leiva, el Cubo de la Magdalena (sin restos visibles), la Torre de la Munición Vieja (sin restos), el Baluarte de Santiago (semiderruido) y el pequeño Torreón de Bamba (suprimido en 1729). Entre el baluarte de San Felipe y el cubo de la Magdalena se extendían gruesas murallas, recorridas interiormente en algunos tramos por túneles y por contraminas. Estas últimas son pasajes internos abovedados cuya función era impedir que los sitiadores pudieran realizar galerías subterráneas (minas) para penetrar en el interior del recinto o colocar cargas explosivas.
El tramo de muralla comprendido entre la Torre de la munición Vieja y el Cubo de la Magdalena constituía el sector más débil de la fortificación, puesto que el mar proporcionaba protección natural.
La Plaza cuenta con dos puertas principales, denominadas de Santa María y de San Nicolás. La primera, próxima al baluarte de San Felipe, permite acceder al interior del recinto murado a través de la calle Mayor. La segunda está situada entre los baluartes de la Reina y de Leiva. Frente a esta última puerta se construyó un revellín (de S. Nicolás) y otro (de Guevara o de la Magdalena) entre el baluarte de Leiva y el cubo de la Magdalena, que fueron prácticamente arrasados en el sitio francés de 1719.
El sector occidental (hacia tierra firme) estuvo recorrido por un foso (que rodeaba también a los revellines), camino cubierto (dotado de algunas plazas de armas y traveses) y el glacis hacia la campaña.