En el último tercio del tercer milenio y a lo largo del segundo milenio antes de nuestra Era, las poblaciones que ocupan este territorio están viviendo constantes transformaciones en diferentes campos, principalmente en los relacionados con la práctica de la agricultura, la domesticación de animales y la metalurgia del cobre y del bronce.
A pesar de que tradicionalmente se ha considerado que en ese tiempo los asentamientos humanos se centraban en las cuevas, cada día contamos con más información que apunta hacia la existencia de hábitats al aire libre.
Estas gentes se alimentan básicamente de los productos agrícolas que cultivan, así como de los animales que crían; si bien en la etapa Eneolítica (entre el 4.700 y el 3.800 antes del presente) también continúan cazando animales como el ciervo, la cabra o el jabalí, según avanza la Edad del Bronce, los animales domésticos van a alcanzar entre el 70 y el 95% del total de los consumidos, mayoritariamente ganado ovicaprino y vacuno, disminuyendo progresivamente la práctica de la caza. Al mismo tiempo, recogen productos vegetales silvestres como complemento de su alimentación.
Los instrumentos de piedra utilizados en este período van perdiendo importancia con el paso del tiempo y, aunque en el Eneolítico se fabrican puntas de flecha, denticulados, raspadores y perforadores, irán surgiendo otros nuevos, como elementos de hoz, hachas, molinos amigdaloides y alisadores, también de piedra, más acordes con las actividades del momento. De todos modos, el metal irá reemplazando de forma clara al material lítico a lo largo de la Edad del Bronce.
La fabricación de cerámica seguirá evolucionando a lo largo del Eneolítico a la vez que se desarrolla la denominada cerámica campaniforme que perdurará hasta el segundo milenio anterior a nuestra Era. En el Bronce Antiguo y Medio las vasijas, fabricadas siempre a mano, alcanzarán mayores dimensiones, decorándose con cordones en algunos casos y conviviendo con cuencos, ollas y otros recipientes de menor tamaño.
La actividad metalúrgica hará su aparición en el Eneolítico, generando piezas de cobre como hachas planas, puñales, punzones y objetos de adorno; muy esporádicamente, estos últimos serán de oro. Durante la Edad del Bronce, el bronce se convertirá en metal básico para elaborar una gran variedad de elementos, hasta la aparición de la metalurgia del hierro, avanzado ya el primer milenio.
En todo este período, el fenómeno funerario destaca por lo espectacular de algunas de sus construcciones. Nos encontramos ante un ritual de enterramiento de tipo colectivo en el que se utilizarán tanto los dólmenes como los túmulos o las cuevas. Estas formas de yacimiento están ampliamente representadas en el territorio guipuzcoano.
La inhumación de los cadáveres se produce junto a una serie de ajuares que adquieren un carácter simbólico: puntas de flecha, botones, cuentas de collar, puñales o cerámicas, entre otros. Este ritual funerario perdurará hasta que, en los últimos tiempos de la Edad del Bronce y a lo largo de la Edad del Hierro, la incineración de los cadáveres y las nuevas formas constructivas de los monumentos funerarios muestren un cambio radical de todo el mundo que gira en torno a los muertos.