Disponer de un adecuado sistema de transporte es fundamental para el inicio de cualquier explotación minera ya que el precio final del mineral, y por tanto la rentabilidad de la mina, están estrechamente vinculados al costo de su acarreo hasta los centros de producción y consumo.
En Gipuzkoa, la actividad minera ha sido el origen de cinco ferrocarriles, así como de otros sistemas como clabes aéreos. Dos de ellos fueron más tarde el origen de dos líneas ferroviarias de interés general.
Si realizamos un recorrido de Este a Oeste, en Irún nos encontramos con el primer ferrocarril minero que enlazaba los cotos mineros de la zona con la estación del Norte, desde allí el mineral era transportado en vagones hasta su destino final: los Altos Hornos de Baiona. Construido en 1.886 por una compañía Británica, el ancho de vía de este ferrocarril era muy inglés, 3 pies (0,92 mts). Años más tarde, en 1.916, sería transformado a vía métrica y prolongado hasta Elizondo, formando así parte del llamado ferrocarril del Bidasoa.
En la comarca de Oiartzun llegaron a convivir dos ferrocarriles mineros. El principal, construido en 1.901, enlazaba las minas de Arditurri, con el puerto de Pasajes. Un gran puente de tipo Cantilever permitía la descarga de los vagones volcándolos directamente sobre la bodega de los barcos. La clausura de este tren minero, cuyo ancho de vía era de 0,75 mts, se produjo en 1965.
En parte paralelo a este tren, pero incompatible con él, debido a su reducido ancho de vía de 60cm., entró en servicio en 1.898 un ferrocarril que enlazaba diversas minas y explotaciones forestales de la zona de Artikutza con la estación del Norte en Rentería. Sus cerca de 30 km de recorrido, lo convierten en el de mayor longitud de la península en su categoría. Sin embargo su vida fue breve y en 1917 fue abandonado por sus promotores. Poco después la Diputación de Gipuzkoa se hizo cargo del tramo final comprendido entre las canteras de Karrika y Gabierrota, a fin de transportar piedra, que más tarde era utilizada para pavimentar la red provincial de carreteras. Este tramo mantuvo su actividad hasta los años cincuenta.
El ferrocarril del Plazaola fue construido en 1.901 con objeto de facilitar la salida de los minerales férricos extraídos en las minas del mismo nombre. La vía, de un metro de ancho, serpenteaba por el valle de Leizarán hasta la estación de Andoain, punto donde la carga era transbordada a los trenes de la Compañía del Norte. En 1.914 la línea se prolongó por ambos extremos, de Plazaola a Iruñea y de Andoain a Lasarte, donde empalmaba con la línea de los Ferrocarriles Vascongados, convirtiéndose de este modo en un ferrocarril de interés general. En cualquier caso, el transporte de mineral siempre fue el principal tráfico del Plazaola y no sobrevivió muchos años tras cerrarse las minas en los años cuarenta. A raíz de las inundaciones de 1.953, el ferrocarril, seriamente afectado, fue clausurado, aunque hasta 1.959, todavía se vieron pasar algunos trenes transportando productos forestales en el valle de Leizarán.
También las minas de Mutiloa contaron con un pequeño ferrocarril que enlazaba con la estación del Ferrocarril del Norte en Ormaiztegi. Construido a principios de siglo con un ancho de vía de 75 cm., su pequeña locomotora de vapor bautizada "Mutiloa" circuló por última vez en 1.947. Poco después, todas las instalaciones fueron desmanteladas, aunque todavía hoy se conserva casi íntegro su pintoresco trazado.
El ferrocarril no sólo contribuyó al desarrollo de la minería, sino también al de algunas industrias, como es el caso de Cementos Rezola de Añorga. Una compleja red de vías permitía el transporte de la piedra desde las canteras hasta la fábrica, mientras que sendos ramales de enlace facilitaban la salida de la producción, tanto por la vía de los Ferrocarriles Vascongados, como del tranvía de Donostia a Tolosa. Locomotoras de vapor, diesel y eléctricas, e incluso curiosos trolecamiones recorrían hasta el último rincón de las instalaciones fabriles.
Una de las redes ferroviarias de carácter industrial más interesantes de Gipuzkoa ha sido la del puerto de Pasaia. Un buen enlace con la red ferroviaria es fundamental para cualquier puerto, a fin de agilizar la expedición de las cargas de los buques.
La red ferroviaria interior del puerto de Pasaia contaba con la particularidad de disponer de vías de doble ancho, ya que conectaba tanto con las vías de la Compañía del Norte (de 1,67 mts de anchura) como con las del "Topo" y las del tranvía urbano de Donostia, ambas de un metro de ancho. El puerto de Pasaia dispuso de sus propias locomotoras de vapor, modernizando el parque con locomotoras diesel en los años setenta. Sin embargo, hasta principios de los ochenta, ocasionalmente se ponía en marcha una locomotora de vapor que, lamentablemente, fue desguazada en 1.989.